フランシスコ・ザビエル渡来と宣教の始まり
わが国におけるカトリックの宣教は１５４９(天文１８)年８月１５日、イエズス会員聖フランシスコ・ザビエルの鹿児島渡来によって始められた。当時交通は極めて不便であったにもかかわらず、イエズス会、フランシスコ会、ドミニコ会、アウグスチノ会等の会員がインド・フィリピン等から相次いで来日し、各地に教会、修道院、学校、病院等を設置して熱心に宣教に当たったので、教会は驚異的発展を遂げ、１６１４(慶長１９)年の統計によれば、聖職者１５０名、信徒数６５万を超え、信徒の中には公卿２家及び大名５５名があった。
禁教
１５８７(天正１５)年、豊臣秀吉の時代に禁教令が敷かれ、漸次迫害が激烈化するに及んで、１５９７(慶長元)年２月５日、長崎において２６名の信徒・修道者・司祭が殉教をとげたのをきっかけに、多くの信徒が追放、死刑等の極刑に遭った。しかし秀吉によるこうした迫害にも関わらず、天正少年使節の派遣、セミナリオやコレジオの設立、キリシタン版印刷など、教会は、なおしばらくの間、発展をみたのである。
再宣教開始と潜伏キリシタン発見
その後約３世紀を経て、１８４６(弘化３)年、仏国パリー外国宣教会により 布教の計画が復興され、フォルカード司教が初代教区長に任命されたが、禁教令に阻まれて入国出来ず、香港に空しく年月を送った。しかし１８５７(安政４)年 鎖国令が解除されるや、３代目教区長ジラール師は江戸領事館付司祭として来日し、１８６２(文久２)年はじめて横浜に教会を建て、又、プティジャン師は長崎 に上陸、１８６５(慶応元)年に大浦天主堂を建て、次いで浦上における旧信者の子孫を発見して、日本におけるカトリックは漸く復興した。
信教の自由と教会の発展
その後１８８９（明治２２）年２月１１日帝国憲法発布により信教の自由が確保されるに及び、パリー外国宣教会は次第にその宣教網を拡大して各地に教会を建設すると共にサン・モール会、幼きイエズス会、シャルトルの聖パウロ会、マリア会等の修道会を招待して私立学校事業並びに病院その他の事業を興し、共に宣教に励んだ。このように復興初期の宣教は専らパリー外国宣教会に委ねられていたが、教会の発展並びに各修道会の来日に伴い、ローマ教皇庁は次第にこれを他の修道会及び宣教会に委譲する方針を決し、まず１９０４（明治３７）年には四国教区を新設してロザリオ管区のドミニコ会に委託し、次いで１９１２（大正元）年には新潟教区を神言会に、１９１５（大正４）年には札幌をフルダ管区のフランシスコ会に委託した。
また１９２７（昭和２）年には、長崎教区、１９３７（昭和１２）年には東京教区を邦人教区として独立させ、これを邦人司祭団の手に委譲した。かくて教区を逐次分割してイエズス会＝広島教区１９２３（大正１２）年、モントリオール管区のドミニコ会＝仙台教区１９２７（昭和２）年、カナダのフランシスコ会＝浦和教区１９３９（昭和１４）年、サレジオ会＝大分教区１９２９（昭和３） 年、メリノール会＝京都教区１９３７（昭和１２）年とそれぞれ委託し宣教の充実を図る一方、教区長を邦人に更迭し、適正な活動を期した。この間聖心会、マリアの宣教者フランシスコ会、聖霊会等多くの修道会が来日して教育事業を開始した他、聖母訪問会、長崎純心聖母会等の邦人修道会が創立されて宣教事業を援助し、今日に至っている。
ローマ教皇庁との関係
ローマ教皇庁は日本との友好関係を結ぶために、１９１９(大正８ ）年からは駐日教皇使節を派遣し、日本もまた１９４２（昭和１７)年からヴァチカンに公使を派遣するに至ったが、戦争後は一時停止され、１９４９（昭和 ２４)年４月２８日再開、初代公使にマキシミリアン・ド・フルステンベルグ枢機卿 （当時は大司教）が任命・派遣された。
邦人枢機卿誕生
故東京土井大司教は１９６０（昭和３５）年３月２８日、ローマ教皇より日本人として初めての枢機卿に親任された。１９６９（昭和４４）年１月３１日、長崎大司教区山口大司教が辞任、後任には、里脇大司教が任命された。
１９７０（昭和４５）年２月、土井枢機卿が帰天したが、その後任には、東京大司教補佐司教の白柳司教が着座した。１９７３（昭和４８）年１月１日、復帰した沖縄に那覇教区が新設され、初代司教として、石神忠真郎司教教が任命された。同年２月２日司教協議会会長田口大司教は、日本における2人目の枢機卿としてローマ教皇より任命された。
１９７４（昭和４９）年１月１０日イポリト・ロトリ大司教が駐日教皇庁大使として任命され、同年４月１日、着任した。１９７５年１１月、沖縄海洋博ヴァチカンデーに教皇庁特使として、フルステンベルグ枢磯卿来日。１９７６年１月２４日、前仙台教区長小林有方司教の後任として佐藤千敬司教が任命された。１９７７年９月２３日、前高松教区長田中英吉司教の後任として深堀敏司教が任命された。１９７７年１０月５日、駐日教皇庁大使イポリト・ロトリ大司教は、ローマに帰国中帰天。後任として１９７７年１２月２１日、前メキシコ駐在教皇使節マリオ・ピオ・ガスパリ大司教が着任した。
１９７８年２月２３日、１９７０年より８年にわたって会長の任にあった日本カトリック司教協議会会長田口枢機卿が帰天した。１９７８年５月２３～２７日、定例司教総会において里脇浅次郎大司教が選出された。なお、１９７９年６月３０日、司教協議会会長里脇浅次郎大司教がローマ教皇より日本人としては３人目の枢機卿に任命された。
１９７９年１０月３０日、前荒井勝三郎横浜司教の後任として、東京大司教区補佐司教濱尾文郎司教が任命され、１９７０年２月５日前浦和教区長長江恵司教の後任として島本要司教が任命された。横浜教区長として１９７９年１０月３０日濱尾文郎司教、新潟教長として１９８５年３月２５日佐藤敬一司教、広島教区長として１９８５年４月１３日三末篤實司教、札幌教区長として１９８７年１０月２０日地主敏夫司教が任命された。１９９０年３月２０日、長崎大司教区教区長としで島本要司教が、１９９０年１０月２８日、福岡司教として松永久次郎司教が、１９９１年９月１６日、浦和司教として岡田武夫司教が、１９９３年５月４日名古屋司教として野村純一司教が任命された。
15教区と3つの管区
現在わが国のカトリック教会は、15の教区に分かれている。このうち東京、大阪、長崎は教会管区として、教区長は主都大司教が任命されている。
２回の福音宣教推進全国会議
１９８７年１１月２０～２３日、京都において第１回福音宣教推進全国会議（National Incentive Convention for Evangelization=NICE）が開催された。１９９２年 ６月定例司教総会において、島本要大司教が司教協議会の会長に選出された。１ ９９３年１０月２１～２４日、長崎にて第2回福音宣教推進全国会議(NICE II)が 開催された。この会議は『家庭の現実から福音宣教のあり方を探る」というテーマのもと、全国から選ばれた約300人の信徒、司祭、司教が参加した。