名称と目的
日本カトリック司教協議会（以下、「司教協議会」と略す）は、「カトリック新教会法」第447条～第459条に定められたカトリック教会の常設組織として、日本におけるカトリック教会の全国的な共通の関心事について協議し、時代に適合した活動を促進することを目的として設置されています。
会員
下記のように構成されています。
- 日本のすべての教区司教、協働司教、補佐司教
- ローマ使徒座または司教協議会より委託された特別の任務をもつ名義司教
会長、副会長の選任と会期 ： 司教協議会には、会務を総攬（らん）し、会を代表する会長と、会長を補佐し、会長に支障があるときはその職務を代行する副会長が置かれています。会員の秘密投票の過半数で選出され、任期は３年で、再任も認められています。
総会と組織
司教協議会は、総会のほか、常設機関として、常任司教委員会および各種委員会おとび事務局を設けています。
総会（通常、司教総会） Plenary Assemblies
総会は、上記会員により構成されています。総会に出席できない会員は、常任委員会の了解を得て代理人をたてることができます。代理人は、発言権はありますが、議決権はありません。
総会には、日本カトリック管区長協議会および日本女子修道者総長管区長会の代表者（現在は正副会長各１名）が招かれます。この代表者たちは、発言権はありますが、議決権はありません。
総会には、定例と臨時があり、現在、定例総会は2月に開催されています。それ以外に定例的に夏と年末にも総会を開催し、これを臨時総会と称しています。その他、臨時開催される総会を「特別臨時総会」と称し、区別しています。
常任司教委員会 Standing Committee
司教協議会の執行機関。総会の閉会中に司教協議会を代表し、その常務を処理します。正副会長以外に総会で選出される５名の会員で構成されます。司教協議会の円滑な運営、総会の議案作成、決議事項の実施促進、予算編成、決算報告、事務局の指導などを任務し、現在は８月を除いて毎月開催されています。
- 常任司教委員会
委員長：菊地功（司教協議会会長・東京教区大司教）
委員：梅村昌弘（司教協議会副会長・横浜教区司教）、前田万葉（枢機卿・大阪教区大司教）、松浦悟郎（名古屋教区司教）、勝谷太治（札幌教区司教）、ヨゼフ・アベイヤ（福岡教区司教）、中野裕明（鹿児島教区司教） - 中央協議会事務局担当
大塚喜直（京都教区司教） - 新聞事業部担当司教
菊地功（東京教区大司教）
以下はその直轄委員会です。
常設委員会 Permanent Committees
- 教会行政法制委員会 Committee for Church Administration and Legislation委員長：梅村昌弘（横浜教区司教）
- 財務委員会 Committee for Finance委員長：梅村昌弘（横浜教区司教）
- 終身助祭養成委員会 Committee for the Formation of Permanent Deacons in Japan委員長：松浦悟郎（名古屋教区司教）
- 典礼委員会 Committee for the Liturgy委員長：白浜満（広島教区司教）担当司教：梅村昌弘（横浜教区司教）
- 学校教育委員会 Committee for School Education委員長：前田万葉（枢機卿・大阪教区大司教）担当司教：酒井俊弘（大阪教区補佐司教）
- 新福音化委員会 Committee for New Evangelization担当司教：ヨゼフ・アベイヤ（福岡教区司教）担当司教：中野裕明（鹿児島教区司教）
- 列聖推進委員会 Committee for Promoting Canonisation委員長：大塚喜直（京都教区司教）
教団関連･諸部門 Sections
- 司教・修道者合同委員会 Combined Committee for Bishops and Religious担当司教：菊地功（東京教区大司教）、前田万葉（枢機卿・大阪教区大司教）、中村倫明（長崎教区大司教）
- 司祭生涯養成部門 Section for the Ongoing Formation of Priests責任司教：松浦悟郎（名古屋教区司教）
担当司教：山野内倫昭（さいたま教区司教）、中野裕明（鹿児島教区司教）、アンドレア・レンボ（東京教区補佐司教）、 - 聖書･教理部門 Section for Scripture and Doctrine
常任司教委員会 - 諸宗教部門 Section for Inter-religious Dialogue
責任司教：大塚喜直（京都教区司教）
担当司教：中村倫明（長崎教区大司教） - エキュメニズム部門 Section for Ecumenism
責任司教：前田万葉（枢機卿・大阪教区大司教）
担当司教：ヨゼフ・アベイヤ（福岡教区司教） - 中国教会関係部門 Section for the Catholic Church in China
担当司教：菊地功（東京教区大司教） - 青少年司牧部門 Section of the Pastoral Care of Youth
責任司教：勝谷太治（札幌教区司教）
担当司教：山野内倫昭（さいたま教区司教）
特別委員会 Special Committees
- 用語検討特別委員会 Special Committee for the Vocabulary Concerning Faith
委員長：梅村昌弘（横浜教区司教）
社会司教委員会 Episcopal Commission for Social Issues
社会司教委員会は日本のカトリック教会として、時のしるしを見極め、社会の中にあって預言者的な役割を果たすこと、また社会の非福音的な事象に対して、教会の内外に福音の立場を明示し、社会の福音化に寄与することを目指します。
以下は所属委員会です。
- 社会司教委員会
委員長：勝谷太治（札幌教区司教）
副委員長：成井大介司教（新潟教区司教）
委員：松浦悟郎（名古屋教区司教）、ウェイン・バーント（那覇教区司教）、ヨゼフ・アベイヤ（福岡教区司教）、山野内倫昭（さいたま教区司教） 、中村倫明（長崎教区大司教）、エドガル・ガクタン（仙台教区司教）、森山信三（大分教区司教）
- 日本カトリック難民移住移動者委員会 Catholic Commission of Japan for Migrants, Refugees and People on the Move
委員長：山野内倫昭（さいたま教区司教）
担当司教：森山信三（大分教区司教） - カリタスジャパン Caritas Japan
担当司教：成井大介（新潟教区司教） - 日本カトリック正義と平和協議会 Japan Catholic Council for Justice & Peace
責任司教：ウェイン・バーント（那覇教区司教）
担当司教：エドガル・ガクタン（仙台教区司教） - 日本カトリック部落差別人権委員会 Committee against Buraku Discrimination through Human-Rights Approaches
委員長：中村倫明（長崎教区大司教） - 子どもと女性の権利擁護のためのデスク Protection of the Human Rights of Women and Children Desk
責任司教：松浦悟郎（名古屋教区司教）
担当司教：森山信三（大分教区司教） - HIV/AIDSデスク HIV/AIDS Desk
担当司教：中村倫明（長崎教区大司教） - 「ラウダート・シ」デスク Laudato Si’ Desk
責任司教：成井大介（新潟教区司教）
担当司教：ヨセフ・アベイヤ（福岡教区司教）