「日本カトリック司教協議会」は、全世界のラテン典礼を行うカトリック教会に共通に適用される、「カトリック教会法」に法的に根ざしている組織です。
名称と目的
日本カトリック司教協議会（以下、「司教協議会」と略す）は、「カトリック新教会法」第447条～第459条に定められたカトリック教会の常設組織として、日本におけるカトリック教会の全国的な共通の関心事について協議し、時代に適合した活動を促進することを目的として設置されています。
会員
下記のように構成されています。
- 日本のすべての教区司教、協働司教、補佐司教
- ローマ使徒座または司教協議会より委託された特別の任務をもつ名義司教
会長、副会長の選任と会期 ： 司教協議会には、会務を総攬（らん）し、会を代表する会長と、会長を補佐し、会長に支障があるときはその職務を代行する副会長が置かれています。会員の秘密投票の過半数で選出され、任期は３年で、再任も認められています。
総会と組織
司教協議会は、総会のほか、常設機関として、常任司教委員会および各種委員会および事務局を設けています。
総会（通常、司教総会） Plenary Assembly
総会は、上記会員により構成されています。総会に出席できない会員は、常任委員会の了解を得て代理人をたてることができます。代理人は、発言権はありますが、議決権はありません。
総会には、日本カトリック管区長協議会および日本女子修道会総長管区長会の代表者（現在は正副会長各１名）が招かれます。この代表者たちは、発言権はありますが、議決権はありません。
総会には、定例と臨時があり、現在、定例総会は6月に開催されています。それ以外に2月に総会を開催し、これを臨時総会と称しています。その他、臨時開催される総会を「特別臨時総会」と称し、区別しています。
常任司教委員会 Standing Committee
司教協議会の執行機関。総会の閉会中に司教協議会を代表し、その常務を処理します。正副会長以外に総会で選出される５名の会員で構成されます。司教協議会の円滑な運営、総会の議案作成、決議事項の実施促進、予算編成、決算報告、事務局の指導などを任務とし、現在は８月を除いて毎月開催されています。
- 常任司教委員会委員長：菊地功（司教協議会会長・枢機卿・東京教区大司教）
委員：梅村昌弘（司教協議会副会長・横浜教区司教）、中村倫明（長崎教区大司教）、勝谷太治（札幌教区司教）、白浜満（広島教区司教）、成井大介（新潟教区司教）、森山信三（大分教区司教） - 中央協議会事務局担当：大塚喜直（京都教区司教）
以下はその直轄委員会です。
- 財務委員会 Committee for Finance
委員長：梅村昌弘（横浜教区司教） - 教会行政法制委員会 Committee for Church Administration and Legislation
委員長：梅村昌弘（横浜教区司教） - 司教修道者合同委員会 Combined Committee for Bishops and Religious
担当司教：菊地功（枢機卿・東京教区大司教）、前田万葉（枢機卿・大阪高松教区大司教）、中村倫明（長崎教区大司教） - 未成年者等ガイドライン運用促進委員会 Committee for Implementation of the Guidelines for Minors
委員長：菊地功（枢機卿・東京教区大司教）
担当司教：ヨゼフ・アベイヤ（福岡教区司教）、成井大介（新潟教区司教） - 司祭・終身助祭生涯養成委員会 Committee for the Ongoing Formation of Priests and Permanent Deacons
委員長：エドガル・ガクタン（仙台教区司教）
担当司教：アンドレア・レンボ（東京教区補佐司教） - 用語検討特別委員会 Special Committee on Church Terminology
委員長：梅村昌弘（横浜教区司教） - 日韓司教交流会 Desk for the Korean – Japanese Bishops’ Colloquium
担当司教：中村倫明（長崎教区大司教）、勝谷太治（札幌教区司教）、酒井俊弘（大阪高松教区補佐司教）
福音宣教司教委員会 Episcopal Commission for Evangelization
- 福音宣教司教委員会委員長：中村倫明（長崎教区大司教）
- 福音宣教委員会 Committee for Evangelization
委員長：中村倫明（長崎教区大司教）
- ラウダート・シ部門 Section for Laudato Si’
担当司教：成井大介（新潟教区司教） - 青少年司牧部門 Section of the Pastoral Care of Youth
担当司教：アンドレア・レンボ（東京教区補佐司教） - 外国籍信徒司牧部門 Section for the Pastoral Care of Foreign Catholics
担当司教：山野内倫昭（さいたま教区司教） - 聖書教理部門 Section for Scripture and Doctrine
担当司教：前田万葉（枢機卿・大阪高松教区大司教）
- 典礼委員会 Committee for the Liturgy
委員長：白浜満（広島教区司教） - 学校教育委員会 Committee for School Education
委員長：中野裕明（鹿児島教区司教） - 列聖推進委員会 Committee for Promoting Canonisation
委員長：大塚喜直（京都教区司教） - エキュメニズム・諸宗教委員会 Committee for Ecumenism and Inter-Religious Dialogue
委員長：中村倫明（長崎教区大司教）
社会司教委員会 Episcopal Commission for Social Issues
- 社会司教委員会委員長：森山信三（大分教区司教）
- 日本カトリック正義と平和協議会 Japan Catholic Council for Justice & Peace
担当司教：エドガル・ガクタン（仙台教区司教） - 日本カトリック部落差別人権委員会 Committee against Buraku Discrimination through Human-Rights Approaches
委員長：ウェイン・バーント（那覇教区司教） - 日本カトリック難民移住移動者委員会 Catholic Commission of Japan for Migrants, Refugees and People on the Move
委員長：松浦悟郎（名古屋教区司教） - 子どもと女性の権利擁護部門 Section of protection of the Human Rights of Women and Children
担当司教：森山信三（大分教区司教） - HIV/AIDS部門 Section of HIV/AIDS
担当司教：森山信三（大分教区司教）
広報宣教司教委員会 Episcopal Commission for Social Communications
- 広報宣教司教委員会委員長：勝谷太治（札幌教区司教）
- 広報委員会 Committee for Social Communications
委員長：勝谷太治（札幌教区司教）
担当司教：酒井俊弘（大阪高松教区補佐司教）
［事業］カリタスジャパン Caritas Japan
- カリタスジャパン Caritas Japan
責任司教：成井大介（新潟教区司教）
担当司教：森山信三（大分教区司教）